1- Seguridad: Es inseguro, hay muchos artículos por la red que destacan lo vulnerable que es Microsoft Sharepoint, ya que es una casa con muchas puertas. Además, presenta vulnerabilidades por la implementación REST (ODATA) que Sharepoint realiza, entre otros muchos más agujeros.
2- Precio: Las complicaciones en “upgradear” a Sharepoint 2010 incluyen una falta de soporte a Internet Explorer 6, sólo se soporta arquitectura de 64 bits y las empresas deberán utilizar las últimas versiones de otros productos Microsoft (notablemente, Windows Server 2008 y Microsoft Office 2010) para tomar ventaja de esta funcionalidad.
3- Interoperabilidad: No integra mejor con otros productos Microsoft. La falacia de que los productos Microsoft integran bien entre ellos (o que integren mejor que lo puedan hacer otras compañías con sus productos) es una gran herramienta de marketing, pero no deja de ser eso, una herramienta de marketing.
4- Escalabilidad: Sharepoint no es tan fácilmente extendible.
5- Comunidad: Es privativo (propietario), aunque permite integrarse con otras aplicaciones a través de sus APIs.