SarePoint 2013 ha venido con infraestructura App. Muy brevemente, los Apps son entidades independientes que pueden interactuar con SharePoint. Son tratadas como entidades separadas desde la perspectiva de seguridad de SharePoint. Esto, basicamente, quiere decir que las Apps tienen su propia autenticación y autorización con SharePoint.
Le recomendamos este artículo publicado en www.infosysblogs.com, en el que se hace un análisis completo sobre SharePoint 2013 y su arquitectura App.